Dieser Film gibt den Kindern eine Stimme und ein Gesicht. Aus ihrer Perspektive wird eher emotional als faktisch der Krieg in Nord–Uganda geschildert. LOST CHILDREN vermittelt einen Eindruck davon, wie die Kinder und ihre Familien versuchen, die schreckliche Vergangenheit in einer grausamen Gegenwart zu bewältigen. Die Kinder, die den Rebellen entkommen konnten, sind alle Täter und Opfer zugleich. Aber auch Helden, denn die Flucht zu wagen und den Angehörigen ihrer Opfer wieder zu begegnen, erfordert viel Mut. Nur wenige Kinder haben überhaupt die Chance den Krieg im Busch zu überleben; die meisten werden als “Kanonenfutter” Opfer der Lord's Resistance Army (LRA) oder als vermeintliche Rebellen durch die Regierungstruppen getötet.

Aber: ist ein Kind ein Mörder, wenn es zum Töten gezwungen wird und aus Angst, selbst zu sterben, sich dem Zwang beugt? Der Makel als Täter, das Trauma als Opfer und die Wunden als Überlebende verfolgen diese Kinder bis in ihre Familien, ihr näheres Umfeld und die Gesellschaft.

Der Film beginnt mit der Ankunft der Kinder nach der Flucht aus den Buschlagern der LRA. In Auffanglagern finden die Kinder Zuflucht. Eines von drei Auffanglagern in Nord-Uganda wird von der Caritas Gulu betrieben und ist in Pajule, 40 km von der sudanesischen Grenze entfernt. Der Ort liegt mitten im Kampfgebiet und ist lediglich mit dem Jeep über eine Straße zu erreichen, die täglich nur für wenige Stunden unter großem Risiko passierbar ist.

Die Filmemacher führten Interviews mit über 30 Kindern, bis sie sich dann auf die vier konzentrierten, die im Film zu sehen sind. Der Film wurde in zehn Wochen in drei Drehphasen im September 2003, Januar und Mai 2004 gedreht. Um nicht zur Zielscheibe der Rebellen zu werden oder der drastischen Zensur der Regierung zu unterliegen, reiste das Team inkognito mit kleinem Equipment und der Unterstützung der Caritas Gulu, denn das Vertrauen der Kinder hätten die Filmemacher mit Regierungstruppen im Rücken wohl kaum gewinnen können.

Caritas Gulu ist eine lokale Hilfsorganisation der katholischen Kirche, die von Acholis (Angehörige des in Nord-Uganda lebenden Stammes) geleitet wird.

In und um Pajule gibt es weder Strom noch Telefon, kein fließendes Wasser und mehr Gerüchte als ernsthafte und gesicherte Informationen. Noch während der Dreharbeiten wurden drei Mitarbeiter des Pajule Centers im Auto von Rebellen überrascht, einer von ihnen wurde getötet. Zwei Tage nach der Abreise des Teams im Oktober 2003 wurden Pajule und das Auffanglager von den Rebellen angegriffen. Dabei starben fast 20 Menschen und über 240 wurden entführt.

Um nicht als Filmteam aufzufallen, wurde auf Mini DV gedreht. Mit einem kleinen Generator konnten Akkus und Powerbook betrieben werden. Jeden Abend wurde das Material des Tages auf Festplatte überspielt, damit bei einem Angriff der Rebellen nicht der komplette Film verloren ging. Das Material wurde dabei im Busch am Laptop aus der Regionalsprache Acholi ins Englische übersetzt. Während der Drehs folgte das deutsche Team über Kopfhörer mittels Simultanübersetzung dem Geschehen und konnte so auf das was passierte reagieren. Acholi wird nur von der Bevölkerung Nord-Ugandas, ca. zwei Millionen Menschen, gesprochen.