Dieser politische Aufstand ging nach wenigen Jahren per Friedensvertrag zu Ende, aber der Krieg in Norduganda tobte weiter – als unpolitischer Aufstand unter Führung religiöser Sektenchefs in einer zerrütteten Gesellschaft. Alice Lakwena als Anführerin der „Holy Spirit Movement“ und später Joseph Kony als Leiter der „Lord's Resistance Army“ verbreiteten mit Mitteln der Gehirnwäsche eine einfache Ideologie: Zusammenarbeit mit dem Staat ist von Übel. Alle Vertreter und Kollaborateure des Staates müssen gnadenlos bekämpft werden, denn sie sind des Teufels, und nur wer den Teufel aktiv bekämpft, ist des Himmels sicher.

In Regionen, die den Einzug der Moderne immer nur als Chaos erlebt haben und deren Bevölkerungen nach dem Verlust ihrer alten Traditionen keine neue Ordnung finden, kann solches Denken auf fruchtbaren Boden fallen. Initiationsriten wie die der LRA – jeder neue Rekrut muss ein brutales Verbrechen begehen, möglichst den Mord an Angehörigen oder Freunden, eventuell in Verbindung mit Kannibalismus; Kriegsführer versprechen Unverwundbarkeit durch magisches Wasser – gibt es in zahlreichen bewaffneten Gruppen in anderen Ländern der Region. Aber nirgends hat sich eine solche Bewegung so lange halten können.

Die besondere Stärke der LRA hat zwei Gründe. Zum einen bestand die erste Generation ihrer Führer aus erfahrenen Militärs, die wußten, wie man eine Armee für das Überleben im Busch aufbaut und über welche Kanäle man Waffen und Munition organisiert. Zum zweiten erhielt die Gruppe ab Mitte der 90er Jahre Unterstützung von der Regierung des Sudan. Sudan gewährte der LRA-Führung Asyl, rüstete die LRA-Kämpfer aus und gewährte ihnen Rückzugsgebiete im Südsudan, von denen aus sie zugleich der sudanesischen Regierungsarmee beim Kampf gegen die südsudanesischen Rebellen der SPLA (Sudan People's Liberation Army) half.

So konnte die LRA problemlos ihren Terror in Norduganda fortsetzen. Ihren Höhepunkt erreichte der Krieg in den Jahren 2002-03, paradoxerweise nachdem Ugandas Armee auf Einladung des Sudan im Südsudan einmarschieren und die LRA dort jagen durfte. Die LRA-Führung zog sich an sichere Orte im Sudan zurück, die LRA-Truppen zogen tief nach Uganda hinein und leben mittels Ausplünderung der Bevölkerung. Die Methode hatte sie schon in den 90er Jahren perfektioniert: Überfälle auf Dörfer und Schulen, Zerstörung von Ernten und Plünderung von Märkten – und vor allem Entführen von Kindern.
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